Το ΕΚΕΤΑ ιδρύθηκε το Μάρτιο του 2000 με έδρα τη Θεσσαλονίκη, είναι Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου (ΝΠΙΔ), μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα και εποπτεύεται από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Καινοτομίας (ΓΓΕΚ) του Υπουργείου Ανάπτυξης. Αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα Ερευνητικά Κέντρα στην Ελλάδα και την Ευρώπη, έχοντας ως κύρια αποστολή του την προαγωγή της καινοτόμου έρευνας προς όφελος του κοινωνικού συνόλου. Αφοσιωμένο σε αυτόν τον σκοπό, το ΕΚΕΤΑ βρίσκεται στην πρώτη γραμμή της βασικής, εφαρμοσμένης και τεχνολογικού χαρακτήρα έρευνας για την παροχή λύσεων στις σύγχρονες προκλήσεις της κοινωνίας.